Im April 1945 erreichten die sowjetischen Truppen Berlin; das Deutsche Reich brach zusammen und die Russen begannen, die im Dahlemer Institut verbliebenen Geräte, die Institutsbibliothek und einige dort verbliebene deutsche Wissenschaftler (darunter Ludwig Bewilogua, der das Tieftemperaturlaboratorium gebaut hatte und während des Krieges die Hochspannungsanlage betrieben hatte) nach der Sowjetunion zu schicken. Das Berliner Kaiser-Wilhelm-Institut für Physik hörte auf zu existieren; in der Hechinger Abteilung verblieben nur eine Handvoll Wissenschaftler, einschließlich Fritz Bopp, dem Kristallographen Georg Menzer und dem Spektoskopiker Hermann Schüler sowie einige Apparaturen, die nichts mit Kernphysik zu tun hatten.
Heisenberg hielt man zusammen mit den anderen prominenten Mitgliedern des Uranvereins auf dem Landsitz Farm Hall bei Cambridge in England gefangen; sie wurden gut behandelt und ebenso gut bewacht. In die Zeit ihres Aufenthaltes in Farm Hall fiel der Abwurf der amerikanischen Atombombe auf die japanische Stadt Hiroshima am 6. August 1945. Aus den Radionachrichten erfuhren die deutschen Wissenschaftler, daß die Alliierten in ihren Anstrengungen, Energie aus der Atomspaltung zu gewinnen, offenbar viel weiter als die Deutschen vorangekommen waren und daß man sogar bis zur militärischen Ausnützung fortgeschritten war, was man in Deutschland als sehr fern in der Zukunft liegend angesehen hatte. Sie diskutierten über die Konsequenzen dieser militärischen Anwendung, und diese Diskussionen haben ihre spätere Haltung und Stellungnahme gegen Kernwaffen wesentlich beeinflußt. In Farm Hall begann Heisenberg auch über seine zukünftige wissenschaftliche Arbeit nachzudenken. Nach den schwierigen Jahren des politischen Druckes und der angespannten gezielten Arbeit ergriff er die Gelegenheit, sich in Muße mit einem weiten Bereich physikalischer Fragestellungen zu befassen. Sie schlossen das immer noch ungelöste Problem der Erklärung der Supraleitung ein, das er mit von Laue diskutierte, und die Anwendung statistischer Methoden zur Beschreibung der Turbulenz, die er mit von Weizsäcker besprach. Er beschloß auch trotz Angebote, nach Amerika zu gehen, weiterhin am Kaiser-Wilhelm-Institut für Physik zu bleiben, falls sich die Möglichkeit dazu böte.
Am 3. Januar 1946 wurden die deutschen Wissenschaftler aus Farm Hall nach Westdeutschland entlassen. Heisenberg kam mit Hahn, von Laue, von Weizsäcker und Wirtz in die britische Besatzungszone nach Göttungen, wo Max Planck und Ernst Telschow die Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft und ihre Institute aufrecht zu erhalten suchten. Heisenberg widmete sich nach seiner Rückkehr vor allem zwei Hauptaufgaben: dem Wiederaufbau des Kaiser- Wilhelm-Instituts für Physik als einem Zentrum für experimentelle und theoretische Forschung in der Physik und der Erneuerung der Forschung in Deutschland überhaupt. Insbesondere dachte er nach über eine geeignete Institution, die zwischen wissenschaftlicher Forschung und der zukünftigen deutschen Regierung direkt vermitteln würde, um den technischen Fortschritt der Nation sicherzustellen und die Wissenschaft als die Quelle dieses Fortschrittes zu erhalten und zu fördern.
Mit dem Zusammenbruch der wirtschaftlichen und politischen Ordnung in Deutschland und mit der Aufteilung des Landes in vier Besatzungszonen wurde die Erneuerung der Forschung praktisch aus dem Nichts zu einer extrem schwierigen Aufgabe. Die Bedingungen waren vielleicht noch am günstigsten in der britischen Besatzungszone, in der die Verantwortlichen, besonders Colonel Bertie Blount, der Verbindungsoffizier der Militärbehörde für die Wissenschaft, den deutschen Wünschen sehr entgegenkam. Bereits am 1. Januar 1946 gründeten Wissenschaftler und Beamte den Deutschen Wissenschaftlichen Rat unter dem Vorsitz des Chemienobelpreisträgers Adolf Windaus. Er vermittelte zwischen der britischen Militärregierung und den deutschen wissenschaftlichen Instituten und Institutionen und ermöglichte unter anderem den Wiederaufbau der Physikalisch-Technischen Reichsanstalt in Braunschweig und die Neugründung der Deutschen Physikalischen Gesellschaft in der britischen Zone. Die alte englisch-hannoversche Universitätsstadt Göttingen, die weitgehend von Kriegsfolgen verschont geblieben war, wurde wieder zu einem wissenschaftlichen Zentrum. Nach einem Treffen mit Göttinger Wissenschaftlern im Oktober 1946 gestatteten die britischen Behörden die Einrichtung mehrerer Kaiser-Wilhelm-Institute auf dem Gelände der früheren Aerodynamischen Versuchsanstalt, die als kriegswichtig abgebaut worden war. Die Institute für Physik, physikalische Chemie und medizinische Forschung – alle vorher in Berlin – wurden somit erneuert. Schließlich wurde die Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft umbenannt und in den westlichen Besatzungszonen als Max-Planck-Gesellschaft mit dem Sitz in Göttingen eingerichtet; ab Februar 1948 hießen alle Institute in Westdeutschland Max-Planck-Institute.
Im Juli 1946 begann Heisenberg das Institut für Physik wieder einzurichten; er übernahm nun endgültig die Leitung dieses Institutes, nachdem Debye unter den herrschenden Bedingungen nicht zurückkommen wollte. Anfangs wurden zwei Abteilungen eingerichtet: eine für theoretische Physik unter von Weizsäcker und eine für Experimentalphysik unter Wirtz. Die Forschung wurde eingeschränkt durch die Vorschriften des Alliierten Kontrollrates; sie verboten es Deutschen, über eine Reihe von Fragestellungen zu arbeiten, die als kriegswichtig galten, besonders über diejenigen Gebiete der Kernphysik, die mit langsamen Neutronen und Kernspaltung zu tun hatten. Trotz der Beschränkungen mangelte es Heisenberg und seinen Mitarbeitern, von denen viele zuvor bei ihm in Berlin gearbeitet hatten, nicht an Forschungsgegenständen. Die Untersuchungen über kosmische Strahlung, die in Leipzig begonnen wurden, standen nun auch im Vordergrund des Göttinger Arbeitsprogramms. Die theoretische Forschung hatte Vorrang, weil für größere Experimente die finanziellen Mittel nicht ausreichten. Nur schrittweise konnte sich das Institut an die rasche Entwicklung in der Physik der kosmischen Strahlung und der Elementarteilchen, die damals in den westeuropäischen Ländern und den Vereinigten Staaten von Amerika vor sich ging, heranarbeiten. Die zweite Auflage des Buches über kosmische Strahlung, die wiederum aus Vorträgen am Institut hervorgegangen war und 1953 erschien, deutete an, daß die Göttinger den internationalen Stand der Forschung nahezu erreicht hatten. Während der frühen Nachkriegsjahre entwickelte Heisenberg einen Ansatz zur Theorie der Supraleitung (1946 —1948), eine statistische Theorie der Turbulenz (1946-1948) und lieferte Beiträge zur Theorie der Elementarteilchen (nach 1946).
Neben der Leitung seines Institutes und seinen eigenen wissenschaftlichen Arbeiten widmete sich Heisenberg mit großer Energie der Erneuerung der wissenschaftlichen Forschung in Westdeutschland und besonders der Verwirklichung seiner Vorstellungen in der Wissenschaftspolitik. Er hatte aus seinen Erfahrungen im Dritten Reich und aus der Beobachtung der engen Zusammenarbeit zwischen Wissenschaftlern und Regierung in Großbritannien gelernt und war davon überzeugt, daß ein moderner Industriestaat eine zentrale Wissenschaftspolitik benötigte. Heisenberg versuchte daher zu erreichen, daß die Regierung der neuen Bundesrepublik Deutschland eine direkte Verantwortung für eine nationale Wissenschaftspolitik und bei der Unterstützung von Wissenschaft und Technik übernähme, wobei sich der Bundeskanzler unmittelbar auf Wissenschaftsberater würde stützen können. Diese Vorstellungen wurden weitgehend in den Deutschen Forschungsrat eingebracht, der am 9. März 1949 von der Max-Planck-Gesellschaft und den in Westdeutschlandverbliebenen wissenschaftlichen Akademien gegründet wurde. Er setzte sich aus 15 Persönlichkeiten der Wissenschaft zusammen; Heisenberg wurde Präsident dieses Gremiums. Der neue Rat, der von Bundeskanzler Adenauer gefördert wurde, vertrat die deutsche Wissenschaft in internationalen Angelegenheiten und direkt beim Bundeskanzler. Zu seinen Erfolgen gehörten die Beschaffung von Geldern aus dem Marshall-Plan für die Unterstützung der deutschen Wissenschaft, die Zulassung der Bundesrepublik zur Internationalen Union of Scientific Councils und zur UNESCO, die Verankerung der Verantwortung des Bundes für die Wissenschaft im Grundgesetz der Bundesrepublik und die Zusicherung gegenseitiger Unterstützung von Industrie und Wissenschaft. Die Einrichtung des Deutschen Forschungsrates widersprach jedoch der alten Tradition in Deutschland, nach der die Wissenschaft unter die Zuständigkeit der Kultusminister der einzelnen Länder fiel. Daher wurde der Rat zunehmend durch die Notgemeinschaft der Deutschen Wissenschaft angegriffen, die im Januar 1949 durch die Kultusminister und die Universitätsrektoren wieder ins Leben gerufen worden war. Um die entstehende Rivalität und die schädliche Überschneidung von Interessen zu beenden, gab Heisenberg trotz großen Bedauerns seine Idee einer Institution des Bundes für die Wissenschaft auf. Die beiden Körperschaften, d. h. der Forschungsrat und die Notgemeinschaft wurden im August 1951 zur heutigen Deutschen Forschungsgemeinschaft vereinigt. Der Senat der Forschungsgemeinschaft übernahm nun die Vertretung der deutschen Wissenschaft; er setzte sich zunächst hauptsächlich aus den Mitgliedern des Forschungsrates zusammen. Heisenberg wurde in das Präsidium der Forschungsgemeinschaft gewählt; er leitete nach dem Februar 1952 auch deren Kommission für Atomphysik, die die Kernphysikforschung (natürlich noch mit Ausnahme der Reaktorphysik) in der Bundesrepublik koordinierte.
Heisenbergs ständige Beschäftigung mit der deutschen Wissenschaftspolitik wurde ergänzt durch sein Engagement bei der Organisation der Forschung im eigenen Institut. Am 1. Juli 1947 wurde eine neue Abteilung für Astrophysik unter Ludwig Biermann geschaffen. Biermann hatte vorher an der Babelsberger Sternwarte und an der Universität Hamburg gearbeitet; in Göttingen beschäftigte er sich mit seinen Mitarbeitern vor allen Dingen mit kosmischer Plasmaphysik und quantentheoretischen Fragen der Astrophysik. Bald wurden bemerkenswerte Ergebnisse erzielt, wie die Vorhersage des „solaren Windes" aus der Analyse des Verhaltens von Kometenschweifen (Biermann und Rhea Lüst), oder eine neue Formulierung der Grundgleichungen der Plasmaphysik (Arnulf Schlüter). Die astrophysikalischen Arbeiten erforderten wie andere an Heisenbergs Institut behandelte Themen in steigendem Maße die Verwendung von elektronischen Rechnern. Da diese in Deutschland nicht verfügbar waren, begann die Max-Planck-Gesellschaft ein eigenes Entwicklungsprogramm. Heinrich Billing, der seit 1. Juni 1950 eine Rechenmaschinengruppe im Institut für Instrumentenkunde in Göttingen (das ebenfalls zur Gesellschaft gehörte) leitete und der sich nach 1957 dem Max- Planck-Institut für Physik anschloß, entwarf und konstruierte die Programmrechner G l und G2; ersterer kam bereits im Oktober 1952 am Göttinger Institut zum Einsatz. Diese pionierartigen Beiträge zur Rechenmaschinentechnik wurden bedauerlicherweise von der deutschen Industrie nicht aufgegriffen und fortgesetzt.
Die durch das Göttinger Institut während der Aufbaujahre geleistete Arbeit fand international zunehmend Anerkennung, und sein Direktor Heisenberg wuchs in die Rolle des Hauptvertreters der deutschen Wissenschaft in der internationalen Arena hinein. Er hatte von vornherein die Wiederherstellung internationaler Beziehungen als äußerst wichtige Aufgabe betrachtet und erhielt bereits 1947 eine Einladung zu Vorträgen in den britischen Universitäten Cambridge, Edinburgh und Bristol (Dezember). In den folgenden Jahren besuchte er wiederholt Niels Bohr in Kopenhagen, und im Sommer 1950 nahm er am Internationalen Mathematikerkongress in Cambridge, Massachusetts teil (30. August – 6. September). 1954 war er westdeutscher Abgeordneter in der Genfer Konferenz „Atoms for Peace”. Als im Jahre 1952 der European Council for Nuclear Research ins Leben gerufen wurde, führte Heisenberg die deutsche Delegation an und wirkte an der Entscheidung mit, in Genf ein großes europäisches Forschungszentrum für Hochenergiephysik einzurichten. Das Scientific Policy Committee von CERN, das für die Planung des Forschungsprogrammes verantwortlich war, wählte Heisenberg zu seinem Vorsitzenden.
In einer programmatischen Rede vor Göttinger Studenten am 13. Juli 1946 betonte Heisenberg die Bedeutung der „Wissenschaft als ein Mittel zur Verständigung zwischen den Völkern”. Er stürzte sich vorbehaltlos in die Aufgabe, die Wiederaufnahme der deutschen Wissenschaftler als Mitglieder der internationalen Familie der Wissenschaftler zu erreichen und die persönlichen Beziehungen nach der Isolation und Entfremdung in der Zeit des Dritten Reiches und des Zweiten Weltkrieges zu erneuern. In diesem Bestreben schrieb er der neueingerichteten Alexander von Humboldt-Stiftung, zu deren Präsident er am 10. Dezember 1953 von Bundeskanzler Adenauer ernannt wurde, eine besonders wichtige Rolle zu. Der Zweck dieser Stiftung ist es, jungen Wissenschaftlern und Gelehrten aus der ganzen Welt zu ermöglichen, an deutschen Forschungsstätten mit deutschen Kollegen zusammenzuarbeiten. Zahlreiche Humboldt-Stipendiaten wurden an Heisenbergs Institut nach Göttingen und später nach München eingeladen. Er behielt das Amt des Präsidenten, bis ihn im Oktober 1975 eine schwere Krankheit zum Rücktritt zwang.
Am 5. Mai 1955 traten die Pariser Verträge in Kraft, durch die die westlichen Alliierten der Bundesrepublik Souveränität und volle Mitgliedschaft im NATO-Bündnis einräumten. Gleichzeitig entfielen alle Einschränkungen der westdeutschen Forschung, und nach zehnjähriger Pause konnte die Entwicklung eines deutschen Kernenergieprogramms wieder aufgenommen werden. Im Oktober 1955 richtet Adenauer das Bundesministerium für Atomfragen ein, den Vorläufer des heutigen Bundesministeriums für Forschung und Technologie. Heisenberg war führendes Mitglied der Deutschen Atomkommission, die das neue Ministerium aus Wissenschaftlern, Industrievertretern und Politikern bestellte, um sich in Fragen der Kernenergiepolitik beraten zu lassen. Heisenberg leitete das Kommittee für Kernphysik in der Atomkommission und betrieb mit Nachdruck die Einrichtung des ersten deutschen Kernreaktors, eines Forschungsreaktors in Garching bei München, der im Oktober 1957 in Betrieb genommen wurde.
Während Heisenberg die Entwicklung der Kernenergie für friedliche Zwecke vorantrieb, stellte er sich zusammen mit anderen Wissenschaftlern gleichermaßen energisch gegen die Pläne von Kanzler Adenauer, die westdeutsche Armee mit taktischen Kernwaffen auszurüsten. Der Widerspruch Borns, Hahns, Heisenbergs, von Weizsäckers und anderer führte zur Formulierung einer öffentlichen Erklärung (durch von Weizsäcker und Heisenberg), die in Göttingen am 12. April 1957 herausgegeben und von 18 führenden Atomphysikern unterzeichnet wurde. Diese Erklärung der „Göttinger 18" wandte sich gegen den Besitz von Kernwaffen und die Teilnahme an der entsprechenden Forschung in Westdeutschland. Die westdeutsche Armee ist seither kernwaffenfrei geblieben.
Heisenbergs hauptsächliche wissenschaftliche Interessen kehrten in den frühen fünfziger Jahren zur Suche nach einer widerspruchsfreien Quantenfeldtheorie der Elementarteilchen zurück. Nach einem erfolglosen Versuch, eine geeignete nichtlokale Theorie zu finden, wandte er sich nach 1952 der Erforschung von nichtlinearen Feldgleichungen zu, in denen der mathematische Zustandsraum gegenüber dem in der Quantenmechanik gebräuchlichen erweitert wurde. In dieser Theorie, die Heisenberg und seine Mitarbeiter in einer Reihe von Arbeiten zwischen November 1953 und Dezember 1956 angingen, sollte die Bedingung relativistischer Invarianz unmittelbar erfüllt sein, auch sollten endliche Ergebnisse aus ihr erhalten werden durch zusätzliche Subtraktions- und Renormalisierungsvorschriften. Nachdem Heisenberg die grundsätzliche Erfüllung seiner Vorstellungen in einer vereinfachten Modellfeldtheorie (dem sogenannten Lee-Modell) gezeigt hatte (Oktober 1957), begann er eine äußerst intensive und enge Zusammenarbeit mit Pauli, die Anfang 1958 in den Vorschlag einer nichtlinearen Spinorgleichung mündete. Sie schien die Eigenschaften und das Verhalten aller Elementarteilchen zu beschreiben (und wurde von eifrigen Journalisten „Weltformel" getauft). Während Heisenberg die Gleichung im April 1958 und später auf mehreren wissenschaftlichen Konferenzen vertrat, zog Pauli seine Zustimmung zurück. Pauli starb kurz darauf am 15. Dezember 1958.
Heisenbergs Bemühungen, eine widerspruchsfreie Quantenfeldtheorie für alle Elementarteilchen abzuleiten, stimmte mit den philosophischen Ansichten überein, die er in jener Zeit in vielen öffentlichen Vorlesungen, z. B. in den Gifford Lectures im Wintersemester 1955/56 an der St. Andrews Universität in Schottland, entwickelte.
Im September 1958 zog das Max-Planck-Institut für Physik von Göttingen in ein größeres neues Gebäude im Norden Münchens am Englischen Garten. Es wurde von dem Architekten Sep Ruf entworfen, einem Freund Heisenbergs aus der Jugendbewegung, und löste das am Göttinger Institut unüberwindbar gewordene Raumproblem. Entgegen dem ursprünglich Plan kam Karl Wirtz mit seiner Reaktorgruppe nicht mit nach München; er hatte das Max-Planck- Institut bereits im März 1957 verlassen und sich dem Kernforschungszentrum der Kernreaktor-Bau- und Betriebgesellschaft m.b.H. in der Nähe Karlsruhes angeschlossen. C. F. von Weizsäcker schließlich war im Juni 1957 dem Ruf auf einen philosophischen Lehrstuhl an der Universität Hamburg gefolgt. Freilich benützte er regelmäßig die Semesterferien zu Gastaufenthalten am Münchner Institut.
Heisenberg hielt man zusammen mit den anderen prominenten Mitgliedern des Uranvereins auf dem Landsitz Farm Hall bei Cambridge in England gefangen; sie wurden gut behandelt und ebenso gut bewacht. In die Zeit ihres Aufenthaltes in Farm Hall fiel der Abwurf der amerikanischen Atombombe auf die japanische Stadt Hiroshima am 6. August 1945. Aus den Radionachrichten erfuhren die deutschen Wissenschaftler, daß die Alliierten in ihren Anstrengungen, Energie aus der Atomspaltung zu gewinnen, offenbar viel weiter als die Deutschen vorangekommen waren und daß man sogar bis zur militärischen Ausnützung fortgeschritten war, was man in Deutschland als sehr fern in der Zukunft liegend angesehen hatte. Sie diskutierten über die Konsequenzen dieser militärischen Anwendung, und diese Diskussionen haben ihre spätere Haltung und Stellungnahme gegen Kernwaffen wesentlich beeinflußt. In Farm Hall begann Heisenberg auch über seine zukünftige wissenschaftliche Arbeit nachzudenken. Nach den schwierigen Jahren des politischen Druckes und der angespannten gezielten Arbeit ergriff er die Gelegenheit, sich in Muße mit einem weiten Bereich physikalischer Fragestellungen zu befassen. Sie schlossen das immer noch ungelöste Problem der Erklärung der Supraleitung ein, das er mit von Laue diskutierte, und die Anwendung statistischer Methoden zur Beschreibung der Turbulenz, die er mit von Weizsäcker besprach. Er beschloß auch trotz Angebote, nach Amerika zu gehen, weiterhin am Kaiser-Wilhelm-Institut für Physik zu bleiben, falls sich die Möglichkeit dazu böte.
Am 3. Januar 1946 wurden die deutschen Wissenschaftler aus Farm Hall nach Westdeutschland entlassen. Heisenberg kam mit Hahn, von Laue, von Weizsäcker und Wirtz in die britische Besatzungszone nach Göttungen, wo Max Planck und Ernst Telschow die Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft und ihre Institute aufrecht zu erhalten suchten. Heisenberg widmete sich nach seiner Rückkehr vor allem zwei Hauptaufgaben: dem Wiederaufbau des Kaiser- Wilhelm-Instituts für Physik als einem Zentrum für experimentelle und theoretische Forschung in der Physik und der Erneuerung der Forschung in Deutschland überhaupt. Insbesondere dachte er nach über eine geeignete Institution, die zwischen wissenschaftlicher Forschung und der zukünftigen deutschen Regierung direkt vermitteln würde, um den technischen Fortschritt der Nation sicherzustellen und die Wissenschaft als die Quelle dieses Fortschrittes zu erhalten und zu fördern.
Mit dem Zusammenbruch der wirtschaftlichen und politischen Ordnung in Deutschland und mit der Aufteilung des Landes in vier Besatzungszonen wurde die Erneuerung der Forschung praktisch aus dem Nichts zu einer extrem schwierigen Aufgabe. Die Bedingungen waren vielleicht noch am günstigsten in der britischen Besatzungszone, in der die Verantwortlichen, besonders Colonel Bertie Blount, der Verbindungsoffizier der Militärbehörde für die Wissenschaft, den deutschen Wünschen sehr entgegenkam. Bereits am 1. Januar 1946 gründeten Wissenschaftler und Beamte den Deutschen Wissenschaftlichen Rat unter dem Vorsitz des Chemienobelpreisträgers Adolf Windaus. Er vermittelte zwischen der britischen Militärregierung und den deutschen wissenschaftlichen Instituten und Institutionen und ermöglichte unter anderem den Wiederaufbau der Physikalisch-Technischen Reichsanstalt in Braunschweig und die Neugründung der Deutschen Physikalischen Gesellschaft in der britischen Zone. Die alte englisch-hannoversche Universitätsstadt Göttingen, die weitgehend von Kriegsfolgen verschont geblieben war, wurde wieder zu einem wissenschaftlichen Zentrum. Nach einem Treffen mit Göttinger Wissenschaftlern im Oktober 1946 gestatteten die britischen Behörden die Einrichtung mehrerer Kaiser-Wilhelm-Institute auf dem Gelände der früheren Aerodynamischen Versuchsanstalt, die als kriegswichtig abgebaut worden war. Die Institute für Physik, physikalische Chemie und medizinische Forschung – alle vorher in Berlin – wurden somit erneuert. Schließlich wurde die Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft umbenannt und in den westlichen Besatzungszonen als Max-Planck-Gesellschaft mit dem Sitz in Göttingen eingerichtet; ab Februar 1948 hießen alle Institute in Westdeutschland Max-Planck-Institute.
Im Juli 1946 begann Heisenberg das Institut für Physik wieder einzurichten; er übernahm nun endgültig die Leitung dieses Institutes, nachdem Debye unter den herrschenden Bedingungen nicht zurückkommen wollte. Anfangs wurden zwei Abteilungen eingerichtet: eine für theoretische Physik unter von Weizsäcker und eine für Experimentalphysik unter Wirtz. Die Forschung wurde eingeschränkt durch die Vorschriften des Alliierten Kontrollrates; sie verboten es Deutschen, über eine Reihe von Fragestellungen zu arbeiten, die als kriegswichtig galten, besonders über diejenigen Gebiete der Kernphysik, die mit langsamen Neutronen und Kernspaltung zu tun hatten. Trotz der Beschränkungen mangelte es Heisenberg und seinen Mitarbeitern, von denen viele zuvor bei ihm in Berlin gearbeitet hatten, nicht an Forschungsgegenständen. Die Untersuchungen über kosmische Strahlung, die in Leipzig begonnen wurden, standen nun auch im Vordergrund des Göttinger Arbeitsprogramms. Die theoretische Forschung hatte Vorrang, weil für größere Experimente die finanziellen Mittel nicht ausreichten. Nur schrittweise konnte sich das Institut an die rasche Entwicklung in der Physik der kosmischen Strahlung und der Elementarteilchen, die damals in den westeuropäischen Ländern und den Vereinigten Staaten von Amerika vor sich ging, heranarbeiten. Die zweite Auflage des Buches über kosmische Strahlung, die wiederum aus Vorträgen am Institut hervorgegangen war und 1953 erschien, deutete an, daß die Göttinger den internationalen Stand der Forschung nahezu erreicht hatten. Während der frühen Nachkriegsjahre entwickelte Heisenberg einen Ansatz zur Theorie der Supraleitung (1946 —1948), eine statistische Theorie der Turbulenz (1946-1948) und lieferte Beiträge zur Theorie der Elementarteilchen (nach 1946).
Neben der Leitung seines Institutes und seinen eigenen wissenschaftlichen Arbeiten widmete sich Heisenberg mit großer Energie der Erneuerung der wissenschaftlichen Forschung in Westdeutschland und besonders der Verwirklichung seiner Vorstellungen in der Wissenschaftspolitik. Er hatte aus seinen Erfahrungen im Dritten Reich und aus der Beobachtung der engen Zusammenarbeit zwischen Wissenschaftlern und Regierung in Großbritannien gelernt und war davon überzeugt, daß ein moderner Industriestaat eine zentrale Wissenschaftspolitik benötigte. Heisenberg versuchte daher zu erreichen, daß die Regierung der neuen Bundesrepublik Deutschland eine direkte Verantwortung für eine nationale Wissenschaftspolitik und bei der Unterstützung von Wissenschaft und Technik übernähme, wobei sich der Bundeskanzler unmittelbar auf Wissenschaftsberater würde stützen können. Diese Vorstellungen wurden weitgehend in den Deutschen Forschungsrat eingebracht, der am 9. März 1949 von der Max-Planck-Gesellschaft und den in Westdeutschlandverbliebenen wissenschaftlichen Akademien gegründet wurde. Er setzte sich aus 15 Persönlichkeiten der Wissenschaft zusammen; Heisenberg wurde Präsident dieses Gremiums. Der neue Rat, der von Bundeskanzler Adenauer gefördert wurde, vertrat die deutsche Wissenschaft in internationalen Angelegenheiten und direkt beim Bundeskanzler. Zu seinen Erfolgen gehörten die Beschaffung von Geldern aus dem Marshall-Plan für die Unterstützung der deutschen Wissenschaft, die Zulassung der Bundesrepublik zur Internationalen Union of Scientific Councils und zur UNESCO, die Verankerung der Verantwortung des Bundes für die Wissenschaft im Grundgesetz der Bundesrepublik und die Zusicherung gegenseitiger Unterstützung von Industrie und Wissenschaft. Die Einrichtung des Deutschen Forschungsrates widersprach jedoch der alten Tradition in Deutschland, nach der die Wissenschaft unter die Zuständigkeit der Kultusminister der einzelnen Länder fiel. Daher wurde der Rat zunehmend durch die Notgemeinschaft der Deutschen Wissenschaft angegriffen, die im Januar 1949 durch die Kultusminister und die Universitätsrektoren wieder ins Leben gerufen worden war. Um die entstehende Rivalität und die schädliche Überschneidung von Interessen zu beenden, gab Heisenberg trotz großen Bedauerns seine Idee einer Institution des Bundes für die Wissenschaft auf. Die beiden Körperschaften, d. h. der Forschungsrat und die Notgemeinschaft wurden im August 1951 zur heutigen Deutschen Forschungsgemeinschaft vereinigt. Der Senat der Forschungsgemeinschaft übernahm nun die Vertretung der deutschen Wissenschaft; er setzte sich zunächst hauptsächlich aus den Mitgliedern des Forschungsrates zusammen. Heisenberg wurde in das Präsidium der Forschungsgemeinschaft gewählt; er leitete nach dem Februar 1952 auch deren Kommission für Atomphysik, die die Kernphysikforschung (natürlich noch mit Ausnahme der Reaktorphysik) in der Bundesrepublik koordinierte.
Heisenbergs ständige Beschäftigung mit der deutschen Wissenschaftspolitik wurde ergänzt durch sein Engagement bei der Organisation der Forschung im eigenen Institut. Am 1. Juli 1947 wurde eine neue Abteilung für Astrophysik unter Ludwig Biermann geschaffen. Biermann hatte vorher an der Babelsberger Sternwarte und an der Universität Hamburg gearbeitet; in Göttingen beschäftigte er sich mit seinen Mitarbeitern vor allen Dingen mit kosmischer Plasmaphysik und quantentheoretischen Fragen der Astrophysik. Bald wurden bemerkenswerte Ergebnisse erzielt, wie die Vorhersage des „solaren Windes" aus der Analyse des Verhaltens von Kometenschweifen (Biermann und Rhea Lüst), oder eine neue Formulierung der Grundgleichungen der Plasmaphysik (Arnulf Schlüter). Die astrophysikalischen Arbeiten erforderten wie andere an Heisenbergs Institut behandelte Themen in steigendem Maße die Verwendung von elektronischen Rechnern. Da diese in Deutschland nicht verfügbar waren, begann die Max-Planck-Gesellschaft ein eigenes Entwicklungsprogramm. Heinrich Billing, der seit 1. Juni 1950 eine Rechenmaschinengruppe im Institut für Instrumentenkunde in Göttingen (das ebenfalls zur Gesellschaft gehörte) leitete und der sich nach 1957 dem Max- Planck-Institut für Physik anschloß, entwarf und konstruierte die Programmrechner G l und G2; ersterer kam bereits im Oktober 1952 am Göttinger Institut zum Einsatz. Diese pionierartigen Beiträge zur Rechenmaschinentechnik wurden bedauerlicherweise von der deutschen Industrie nicht aufgegriffen und fortgesetzt.
Die durch das Göttinger Institut während der Aufbaujahre geleistete Arbeit fand international zunehmend Anerkennung, und sein Direktor Heisenberg wuchs in die Rolle des Hauptvertreters der deutschen Wissenschaft in der internationalen Arena hinein. Er hatte von vornherein die Wiederherstellung internationaler Beziehungen als äußerst wichtige Aufgabe betrachtet und erhielt bereits 1947 eine Einladung zu Vorträgen in den britischen Universitäten Cambridge, Edinburgh und Bristol (Dezember). In den folgenden Jahren besuchte er wiederholt Niels Bohr in Kopenhagen, und im Sommer 1950 nahm er am Internationalen Mathematikerkongress in Cambridge, Massachusetts teil (30. August – 6. September). 1954 war er westdeutscher Abgeordneter in der Genfer Konferenz „Atoms for Peace”. Als im Jahre 1952 der European Council for Nuclear Research ins Leben gerufen wurde, führte Heisenberg die deutsche Delegation an und wirkte an der Entscheidung mit, in Genf ein großes europäisches Forschungszentrum für Hochenergiephysik einzurichten. Das Scientific Policy Committee von CERN, das für die Planung des Forschungsprogrammes verantwortlich war, wählte Heisenberg zu seinem Vorsitzenden.
In einer programmatischen Rede vor Göttinger Studenten am 13. Juli 1946 betonte Heisenberg die Bedeutung der „Wissenschaft als ein Mittel zur Verständigung zwischen den Völkern”. Er stürzte sich vorbehaltlos in die Aufgabe, die Wiederaufnahme der deutschen Wissenschaftler als Mitglieder der internationalen Familie der Wissenschaftler zu erreichen und die persönlichen Beziehungen nach der Isolation und Entfremdung in der Zeit des Dritten Reiches und des Zweiten Weltkrieges zu erneuern. In diesem Bestreben schrieb er der neueingerichteten Alexander von Humboldt-Stiftung, zu deren Präsident er am 10. Dezember 1953 von Bundeskanzler Adenauer ernannt wurde, eine besonders wichtige Rolle zu. Der Zweck dieser Stiftung ist es, jungen Wissenschaftlern und Gelehrten aus der ganzen Welt zu ermöglichen, an deutschen Forschungsstätten mit deutschen Kollegen zusammenzuarbeiten. Zahlreiche Humboldt-Stipendiaten wurden an Heisenbergs Institut nach Göttingen und später nach München eingeladen. Er behielt das Amt des Präsidenten, bis ihn im Oktober 1975 eine schwere Krankheit zum Rücktritt zwang.
Am 5. Mai 1955 traten die Pariser Verträge in Kraft, durch die die westlichen Alliierten der Bundesrepublik Souveränität und volle Mitgliedschaft im NATO-Bündnis einräumten. Gleichzeitig entfielen alle Einschränkungen der westdeutschen Forschung, und nach zehnjähriger Pause konnte die Entwicklung eines deutschen Kernenergieprogramms wieder aufgenommen werden. Im Oktober 1955 richtet Adenauer das Bundesministerium für Atomfragen ein, den Vorläufer des heutigen Bundesministeriums für Forschung und Technologie. Heisenberg war führendes Mitglied der Deutschen Atomkommission, die das neue Ministerium aus Wissenschaftlern, Industrievertretern und Politikern bestellte, um sich in Fragen der Kernenergiepolitik beraten zu lassen. Heisenberg leitete das Kommittee für Kernphysik in der Atomkommission und betrieb mit Nachdruck die Einrichtung des ersten deutschen Kernreaktors, eines Forschungsreaktors in Garching bei München, der im Oktober 1957 in Betrieb genommen wurde.
Während Heisenberg die Entwicklung der Kernenergie für friedliche Zwecke vorantrieb, stellte er sich zusammen mit anderen Wissenschaftlern gleichermaßen energisch gegen die Pläne von Kanzler Adenauer, die westdeutsche Armee mit taktischen Kernwaffen auszurüsten. Der Widerspruch Borns, Hahns, Heisenbergs, von Weizsäckers und anderer führte zur Formulierung einer öffentlichen Erklärung (durch von Weizsäcker und Heisenberg), die in Göttingen am 12. April 1957 herausgegeben und von 18 führenden Atomphysikern unterzeichnet wurde. Diese Erklärung der „Göttinger 18" wandte sich gegen den Besitz von Kernwaffen und die Teilnahme an der entsprechenden Forschung in Westdeutschland. Die westdeutsche Armee ist seither kernwaffenfrei geblieben.
Heisenbergs hauptsächliche wissenschaftliche Interessen kehrten in den frühen fünfziger Jahren zur Suche nach einer widerspruchsfreien Quantenfeldtheorie der Elementarteilchen zurück. Nach einem erfolglosen Versuch, eine geeignete nichtlokale Theorie zu finden, wandte er sich nach 1952 der Erforschung von nichtlinearen Feldgleichungen zu, in denen der mathematische Zustandsraum gegenüber dem in der Quantenmechanik gebräuchlichen erweitert wurde. In dieser Theorie, die Heisenberg und seine Mitarbeiter in einer Reihe von Arbeiten zwischen November 1953 und Dezember 1956 angingen, sollte die Bedingung relativistischer Invarianz unmittelbar erfüllt sein, auch sollten endliche Ergebnisse aus ihr erhalten werden durch zusätzliche Subtraktions- und Renormalisierungsvorschriften. Nachdem Heisenberg die grundsätzliche Erfüllung seiner Vorstellungen in einer vereinfachten Modellfeldtheorie (dem sogenannten Lee-Modell) gezeigt hatte (Oktober 1957), begann er eine äußerst intensive und enge Zusammenarbeit mit Pauli, die Anfang 1958 in den Vorschlag einer nichtlinearen Spinorgleichung mündete. Sie schien die Eigenschaften und das Verhalten aller Elementarteilchen zu beschreiben (und wurde von eifrigen Journalisten „Weltformel" getauft). Während Heisenberg die Gleichung im April 1958 und später auf mehreren wissenschaftlichen Konferenzen vertrat, zog Pauli seine Zustimmung zurück. Pauli starb kurz darauf am 15. Dezember 1958.
Heisenbergs Bemühungen, eine widerspruchsfreie Quantenfeldtheorie für alle Elementarteilchen abzuleiten, stimmte mit den philosophischen Ansichten überein, die er in jener Zeit in vielen öffentlichen Vorlesungen, z. B. in den Gifford Lectures im Wintersemester 1955/56 an der St. Andrews Universität in Schottland, entwickelte.
Im September 1958 zog das Max-Planck-Institut für Physik von Göttingen in ein größeres neues Gebäude im Norden Münchens am Englischen Garten. Es wurde von dem Architekten Sep Ruf entworfen, einem Freund Heisenbergs aus der Jugendbewegung, und löste das am Göttinger Institut unüberwindbar gewordene Raumproblem. Entgegen dem ursprünglich Plan kam Karl Wirtz mit seiner Reaktorgruppe nicht mit nach München; er hatte das Max-Planck- Institut bereits im März 1957 verlassen und sich dem Kernforschungszentrum der Kernreaktor-Bau- und Betriebgesellschaft m.b.H. in der Nähe Karlsruhes angeschlossen. C. F. von Weizsäcker schließlich war im Juni 1957 dem Ruf auf einen philosophischen Lehrstuhl an der Universität Hamburg gefolgt. Freilich benützte er regelmäßig die Semesterferien zu Gastaufenthalten am Münchner Institut.